Celní úřad kontroluje mnoho povinností a je pro mnoho podnikatelů stresující zkušeností — ale pro toho, kdo ví, jak probíhá, co úředník kontroluje a jaká práva mu zákon přiznává, jde o zvládnutelný proces. Celní správa ČR je správní orgán podřízený Ministerstvu financí, který vykonává dohled nad dovozem, vývozem, správou spotřebních daní i kontrolou dodržování obchodních zákazů a omezení.
Právní základ celní kontroly
Celní kontrola v ČR se řídí kombinací unijního a vnitrostátního práva:
- Nařízení EU č. 952/2013 — Celní kodex Unie (UCC) — Základní procesní rámec pro celní řízení v celé EU
- Zákon č. 17/2012 Sb. o Celní správě ČR — Organizace a pravomoci celní správy
- Zákon č. 353/2003 Sb. o spotřebních daních — Správa a kontrola spotřební daně (tabák, alkohol, pohonné hmoty)
- Zákon č. 634/1992 Sb. o ochraně spotřebitele — Celní správa je oprávněna kontrolovat i toto v rámci přeshraničního obchodu
Kdo podléhá celní kontrole?
Celní kontrole podléhají:
- Dovozci a vývozci — Jakákoliv fyzická nebo právnická osoba přepravující zboží přes hranice EU
- Skladovatelé — Provozovatelé celních skladů a volných celních pásem
- Výrobci a distributoři — Subjekty nakládající se zbožím podléhajícím spotřební dani (tabák, alkohol, pohonné hmoty, elektřina)
- Dopravci — Přepravní společnosti a řidiči přepravující kontrolované zboží
- Prodejci — V rámci kontroly trhu může celní správa provádět kontroly i v obchodech a na tržnicích
Typy celních kontrol
1. Dokumentární kontrola
Ověření celního prohlášení, faktur, certifikátů původu, sanitárních a fytosanitárních osvědčení, licencí na dovoz a vývoz. Probíhá bez fyzického přístupu ke zboží.
2. Fyzická kontrola
Fyzické ověření přepravovaného nebo uskladněného zboží — namátková nebo cílená (na základě analýzy rizik). Zahrnuje vážení, měření, odběr vzorků a případně laboratorní analýzu.
3. Kontrola v prostorách podnikatele (post-clearance audit)
Celní orgán provede kontrolu v sídle nebo provozovně podnikatele — ověřuje účetní záznamy, skladovou evidenci, smlouvy, interní procesy. Může proběhnout i roky po propuštění zboží do celního režimu.
4. Mobilní kontrola
Celní hlídky kontrolují vozidla a zboží při silniční přepravě.
Jak celní kontrola probíhá?
Zahájení: Celní kontrola se zahajuje předložením pověření ke kontrole a legitimací celního orgánu. U neohlášených kontrol v provozovně je podnikatel oprávněn požádat o prokázání totožnosti a předložení pověření.
Průběh:
- Celní orgán sdělí předmět kontroly a právní základ
- Podnikatel (nebo jím pověřená osoba) je oprávněn být přítomen
- Celní orgán provede dokumentární nebo fyzickou kontrolu, případně odebere vzorky
- Veškeré zjištění jsou zaznamenány do kontrolního protokolu
Povinnosti kontrolované osoby:
- Umožnit přístup k prostorám, zboží a dokumentaci
- Poskytnout součinnost a požadované doklady
- Nemanipulovat se zbožím, které je předmětem kontroly
Práva podnikatele při celní kontrole
Podnikatel má právo:
- Být informován o předmětu a právním základu kontroly
- Být přítomen kontrole nebo mít přítomného zástupce (advokát, celní zástupce)
- Nahlédnout do kontrolního protokolu a podat k němu námitky
- Požádat o přítomnost svědka při odběru vzorků
- Podat stížnost na postup celního orgánu
- Podat odvolání proti rozhodnutím vydaným na základě kontroly
Přečtěte si také náš článek odvolání proti rozhodnutí živnostenského úřadu, který se zabývá obecnými principy odvolání ve správním řízení.
Nejčastější porušení zjišťovaná celní správou
- Nesprávné celní zařazení zboží (kód kombinované nomenklatury — CN kód) — vede k doměření cla nebo DPH
- Podhodnocení celní hodnoty zboží
- Nedoložení certifikátů původu a preferencí pro snížené clo
- Neoprávněné použití celního režimu (aktivní zušlechťovací styk, dočasný dovoz)
- Nedoložení spotřební daně u tabákových výrobků a alkoholu
- Padělané nebo pirátské zboží — porušení práv duševního vlastnictví
- Přeprava zboží podléhajícího zákazům nebo omezením bez příslušného povolení
Sankce za porušení celních předpisů
- Doměření cla, DPH a spotřební daně — Zpětně za celé promlčecí období (3 roky, v případě úmyslu až 10 let)
- Penále a úroky z prodlení — Automaticky k doměřené částce
- Pokuta za celní přestupek — Fyzickým osobám až 500 000 Kč, právnickým osobám až 4 000 000 Kč
- Zadržení nebo propadnutí zboží — Zejm. u padělků, zakázaného zboží, nezkolkovaného tabáku a alkoholu
- Trestní odpovědnost — Zkrácení daně nebo cla ve větším rozsahu je trestným činem dle § 240 trestního zákoníku (odnětí svobody až 10 let)
Jak se bránit po kontrole?
Krok 1 — Přezkum protokolu
Pečlivě prostudujte kontrolní protokol. Zkontrolujte správnost celního zařazení, výpočtu celní hodnoty, aplikaci preferenčního původu a lhůt.
Krok 2 — Námitky k protokolu
Podejte písemné námitky k obsahu protokolu — typicky do 5 pracovních dnů od doručení.
Krok 3 — Odvolání proti rozhodnutí
Proti platebnímu výměru (doměření cla, pokuty) podejte odvolání do 30 dnů (celní řízení má odlišnou lhůtu od obecného správního řádu — dle § 44 celního zákona).
Krok 4 — Správní žaloba
Po vyčerpání odvolání lze podat správní žalobu u krajského soudu do 2 měsíců od doručení rozhodnutí odvolacího orgánu.
Pokud vás zajímají pracovní kontroly, přečtěte si náš článek inspekce práce — kontrola bezpečnosti práce, který popisuje průběh kontrol z dalšího kontrolního orgánu.
FAQ — Často kladené otázky
1. Může celní úřad provést kontrolu bez předchozího ohlášení?
Ano. Post-clearance audit ani mobilní kontrola nevyžadují předchozí ohlášení. Podnikatel má právo na předložení pověření, ale nemůže kontrolu odmítnout.
2. Jak dlouho po propuštění zboží může celní úřad doměřit clo?
Celní dluh lze v zásadě vyměřit do 3 let od vzniku celního dluhu (čl. 103 UCC). Pokud je celní dluh důsledkem jednání, které v době spáchání mohlo vést k trestnímu stíhání, lhůta se prodlužuje na 10 let.
3. Mohu si přizvat celního zástupce nebo advokáta při kontrole?
Ano. Celní zastoupení je zákonné právo — celní zástupce (nebo advokát) může jednat jménem podnikatele při celním řízení i při kontrole. Doporučuje se zejména u složitějších zásilek nebo při podezření na zahájení sankčního řízení.
4. Co se stane, pokud celní orgán zajistí zboží a já s tím nesouhlasím?
Zajištění zboží je předběžným opatřením. Podnikatel může podat žádost o propuštění zajištěného zboží (např. po složení jistoty) nebo napadnout zajištění v rámci odvolacího řízení.
5. Vztahuje se celní kontrola i na e-commerce zásilky z Číny a jiných třetích zemí?
Ano. Od 1. 7. 2021 byl zrušen osvobozovací limit pro zásilky do 22 EUR — veškeré zásilky ze třetích zemí podléhají DPH a případně clu. Celní orgány pravidelně kontrolují e-commerce zásilky, zejména u podhodnocených deklarací.
6. Jak probíhá odběr vzorků a mohu ho odmítnout?
Celní orgán je oprávněn odebrat vzorky zboží pro laboratorní analýzu. Odměna odmítnutí je přestupkem. Při odběru vzorků máte právo být přítomen a požádat o zachování duplikátu vzorku pro případné nezávislé přezkoumání.
Výzva k akci
Obdrželi jste platební výměr od celního úřadu, bylo vám zadrženo zboží nebo čelíte doměření cla? Moderní Právník poskytuje specializované právní zastoupení v celních řízeních — od analýzy protokolu přes odvolání až po správní žalobu.
📩 Kontaktujte nás na modernipravnik.cz/kontakt nebo e-mailem na info@modernipravnik.cz. Úvodní konzultace (5–10 min) je zdarma.
📞 +420 732 394 849
Autor: Petr Uklein, advokát | Aktualizace: červen 2026